Autonomní UASje schopen provést bezpečný let bez zásahu pilota. Činí tak pomocí umělé inteligence, která mu umožňuje zvládat všechny druhy nepředvídaných a nepředvídatelných nouzových situací. Tím se liší od automatického provozu, kdy UA letí předem určené tratě definované provozovatelem UAS před zahájením daného letu. U tohoto typu UAS je nezbytné, aby dálkově řídící pilot převzal kontrolu nad UAS a zasáhl při nepředvídaných událostech, pro které UAS nebyl naprogramován. Zatímco automatické UAS jsou povoleny ve všech kategoriích provozu, autonomní UAS nejsou povoleny v „otevřené“ kategorii provozu.
Autonomní UAS vyžadují úroveň ověření souladu s technickými požadavky, což není slučitelné se systémem zavedeným pro „otevřenou“ kategorii. Autonomní provoz je místo toho povolen ve „specifické“ kategorii, kde nařízení obsahuje dostatečně pružný nástroj pro ověřování požadavků s odpovídající úrovní robustnosti.
Autonomní provoz je povolen také v „certifikované“ kategorii provozu.