Útvar vnitřní kontroly, který je přímo podřízen řediteli ÚCL, plní veškeré úkoly a povinnosti ÚCL spadající do působnosti vnitřní finanční kontroly vyplývající z právních předpisů, případně textu náplně činnosti, zejména zajišťuje a provádí nezávislou a objektivní finanční kontrolu ve smyslu zákona č. 320/2001 Sb., o finanční kontrole ve veřejné správě a o změně některých zákonů (zákon o finanční kontrole), ve znění pozdějších předpisů, v rámci které zjišťuje, zda:
- právní předpisy, přijatá opatření a stanovené postupy jsou v činnosti ÚCL dodržovány;
- rizika vztahující se k činnosti ÚCL jsou včas rozpoznávána a zda jsou přijímána odpovídající opatření k jejich vyloučení nebo zmírnění;
- řídící kontroly prováděné příslušnými útvary ÚCL v rámci jejich činnosti poskytují řediteli ÚCL spolehlivé a včasné provozní, finanční a jiné informace a naplňují žádoucí cíl jimi prováděné finanční kontroly;
- zavedený vnitřní kontrolní systém ÚCL je dostatečně účinný, reaguje včas na změny ekonomických, právních, provozních a jiných podmínek;
- dosažené výsledky při plnění rozhodujících úkolů ÚCL poskytují dostatečné ujištění, že schválené záměry a cíle budou splněny;
dále
- předkládá na základě svých zjištění řediteli ÚCL doporučení ke zdokonalování kvality vnitřního kontrolního systému, k předcházení nebo ke zmírnění rizik a k přijetí opatření k nápravě zjištěných nedostatků;
- zpracovává plány vnitřní kontroly na základě objektivního hodnocení rizik, která vyplývají ze stanovených úkolů ÚCL, s přihlédnutím k výsledkům veřejnosprávní a jiné kontroly uskutečněné u ÚCL a ke zjištěním vnitřního kontrolního systému;
- o svých zjištěních z provedených kontrol předává zprávy řediteli ÚCL s doporučením k přijetí opatření, která konkrétně navrhuje;
- do konce ledna kalendářního roku předkládá řediteli ÚCL plán následné kontroly na tentýž kalendářní rok.